Was ich festgestellt habe: Es liegt in der Hauptsache an Artikeln in denen Zitate (<cite>) vorkommen. Da rechnet der IE die Breite falsch aus, die Zeilenumbrüche stimmen nicht, der rechte Block iwrd zu breit und rutscht dadurch unter die linke Spalte.
Eine brauchbare Lösung (außer auf Firefox zu wechseln) hab ich noch nicht gefunden.